Onderzoeker
Tom Ruttink
- Disciplines:Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Moleculaire en celbiologie niet elders geclassificeerd, Genomics, Celgroei en -ontwikkeling, Microbiomen, Genoomstructuur en -regulatie, Cel- en moleculaire biologie van planten, Andere biotechnologie, bio-en biosysteem ingenieurswetenschappen niet elders geclassificeerd, Computationele evolutionaire biologie, comparatieve genomics en populatiegenomics, Ontwikkelings- en reproductieve biologie van planten, Computationele transcriptomics en epigenomics, Agrarische landbouw en biotechnologie
Affiliaties
- Plant (Onderzoekseenheid)
Lid
Vanaf1 jan 2019 → Heden - Groei en Ontwikkeling (Afdeling)
Lid
Vanaf1 sep 2007 → 31 dec 2018
Projecten
1 - 10 of 14
- Benutten van het potentieel van 'Gene editing' in kader van een duurzame bio-economie.Vanaf1 sep 2022 → Heden
- Creatie van CENH3 haploïd inducer lijnen en transcriptoomstudie van CMS stabiliteit in Cichorium intybusVanaf1 okt 2019 → Heden
- Opbouw van kennis voor het exploiteren van nieuwe tarwetypes rijk aan arabinoxylan voedingsvezels doorheen de ganse tarwe waardeketenVanaf1 sep 2019 → Heden
- Effecten van verstoring van het tropische regenwoud op de uitwisseling van genetisch materiaal, genomische diversiteit en introgressie bij bomen in de onder-etage: Het geval van Coffea canephora (Robustakoffie) in het Congo-bassinVanaf1 jan 2019 → Heden
- Resistentie tegen de aardappelziekte introduceren in aardappel mbv CRISPRVanaf1 sep 2018 → 31 aug 2022
- Veredeling van kelp voor efficiënt en duurzaam gebruik van mariene bronnenVanaf1 mei 2018 → Heden
- Veredeling van voeder- en graan legumineuzen om de onafhankelijkhend van eiwitimport in de EU en China te verhogenVanaf1 sep 2017 → 31 dec 2021
- Effecten van de intensivering van het beheer van koffiebossen op de oogst, de oogstkwaliteit en de genetische bronnen van Arabicakoffie (Coffea arabica L.)Vanaf1 jan 2017 → 31 dec 2021
- Bridging landscape genomics and quantitative genetics for a regional adaptation of European grasslands to climate changeVanaf1 jan 2015 → 31 dec 2018
- Diepduiken in de genomische diversiteit van (meta)populatiesVanaf1 okt 2013 → 31 aug 2019
Publicaties
1 - 10 van 66
- Fenotypische variatie en overerving van resistentie tegen anthracnose en klaverrot in rode klaver(2022)
Auteurs: Lea Frey, Tim Vleugels, Tom Ruttink, Franz Xaver Schubiger, Marie Pégard, Leif Skøt, Christoph Grieder, Bruno Studer, Isabel Roldán-Ruiz, Roland Koelliker
Pagina's: 4337-4349 - Unravelling hybridization in Phytophthora using phylogenomics and genome size estimation(2021)
Auteurs: Kris Van Poucke, Annelies Haegeman, Thomas Goedefroit, Fran Focquet, Leen Leus, Marília Horta Jung, Corina Nave, Miguel Angel Redondo, Claude Husson, Kaloyan Kostov, et al.
- Amplicon sequencing, a new approach to study Columnea latent viroid (CLVd) quasispecies populations(2021)
Auteurs: Parichate Tangkanchanapas, Annelies Haegeman, Tom Ruttink, Monica Höfte, Kris De Jonghe
- Establishment of CRISPR/Cas9 Genome Editing in Witloof (Cichorium intybus var. foliosum)(2020)
Auteurs: Charlotte De Bruyn, Tom Ruttink, Tom Eeckhaut, Thomas Jacobs, Ellen De Keyser, Alain Goossens, Katrijn Van Laere
Pagina's: 1-12 - Whole-Genome Deep Sequencing Reveals Host-Driven in-planta Evolution of Columnea Latent Viroid (CLVd) Quasi-Species Populations(2020)
Auteurs: Parichate Tangkanchanapas, Annelies Haegeman, Tom Ruttink, Monica Höfte, Kris De Jonghe
Pagina's: 3262 - Utilization of Tissue Ploidy Level Variation in de Novo Transcriptome Assembly of Pinus sylvestris(2019)
Auteurs: Dario I Ojeda, Tiina M Mattila, Tom Ruttink, Sonja T Kujala, Katri Kärkkäinen, Jukka-Pekka Verta, Tanja Pyhäjärvi
Pagina's: 3409-3421 - Identification and assessment of variable single-copy orthologous (SCO) nuclear loci for low-level phylogenomics: a case study in the genus Rosa (Rosaceae)(2019)
Auteurs: Kevin Debray, Jordan Marie-Magdelaine, Tom Ruttink, Jeremy Clotault, F. Foucher, Valéry Malécot
Pagina's: 152 - Peat substrate amended with chitin modulates the N-cycle, siderophore and chitinase responses in the lettuce rhizobiome(2019)
Auteurs: Caroline De Tender, B Mesuere, F Van der Jeugt, Annelies Haegeman, Tom Ruttink, Bart Vandecasteele, P Dawyndt, Jane Debode, E E Kuramae
Pagina's: 9890 - Pleistocene climate changes, and not agricultural spread, accounts for range expansion and admixture in the dominant grassland species Lolium perenne L.(2019)
Auteurs: José Luis Blanco-Pastor, Stephanie Manel, Philippe Barre, Anna M Roschanski, Evelin Willner, Klaus J Dehmer, Mathew Hegarty, Hilde Muylle, Tom Ruttink, Isabel Roldán-Ruiz, et al.
Pagina's: 1451-1465 - Cichorium intybus L. x Cicerbita alpina Walbr.: doubled haploid chicory induction and CENH3 characterization(2019)
Auteurs: Jeroen Van der Veken, Tom Eeckhaut, Joost Baert, Tom Ruttink, olivier maudoux, Werbrouck Stefaan, Johan Van Huylenbroeck
Gelinkte datasets
1 - 8 van 8
- Multi-location trials and population-based genotyping reveal high diversity and adaptation to breeding environments in a large collection of red clover (Other)
- Phenotypic variation and quantitative trait loci for resistance to southern anthracnose and clover rot in red clover (Creator)
- Supplementary information accompanying the paper "Nematodes facilitate bacterial-mediated biogeochemical processes in marine sediments: a meta-transcriptomics approach" (Other)
- Phenotypic variation and quantitative trait loci for resistance to southern anthracnose and clover rot in red clover (Other)
- Data from: Canonical correlations reveal adaptive loci and phenotypic responses to climate in perennial ryegrass (Other)
- Data from: Unravelling hybridization in Phytophthora using phylogenomics and genome size estimation (Other)
- Orthology guided transcriptome assembly of Italian ryegrass and meadow fescue for single nucleotide polymorphisms discovery (data set) (Other)
- Orthology guided transcriptome assembly of Italian ryegrass and meadow fescue (update data set) (Other)