Onderzoeker
Lennart Martens
- Trefwoorden (Ghent University):systeembiologie, bioinformatica, Metabolomics, proteomics, machine leren
- Disciplines (Flanders Institute for Biotechnology):Algemene diagnostiek, Analytische biochemie, Celdood en senescentie, Analyse van next-generation sequence data
- Disciplines (Ghent University):Structurele bio-informatica en computationele proteomics, Bio-informatica van ziekten, Microbiomics, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie, Ontologieën, datacuratie en text mining, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Proteomics, Medische proteomics
Affiliaties
- Vakgroep Biomoleculaire Geneeskunde (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2018 → Heden - Martens Lab (Onderzoeksgroep)
Verantwoordelijke
Vanaf1 jan 2017 → Heden - Vakgroep Biochemie (Departement)
Lid
Vanaf1 mrt 2002 → 30 sep 2018
Projecten
1 - 10 of 35
- Unipept Next: een flexibelere, differentiële Unipept voor verwerking van multi-omics datasetsVanaf1 nov 2023 → HedenFinanciering: BOF - postdoctorale mandaten
- Een diaPASEF gedreven diepgaande computationele analyse in hete myotone dystrophie type 1 vloeibare biopsie proteoomVanaf1 nov 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Het zetten van AI in DIA – ontwikkelen van een ML-gedreven multi-modificatie zoek softwareVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO senior postdoctoraal mandaat
- Contextafhankelijke identificatie van kinase-substraatassociatie en eiwitfosforylering door her-analyse op grote schaal van proteomics experimenten.Vanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: BOF - postdoctorale mandaten
- De grote metaproteomics identificatie-uitdaging aanpakken in hypercomplexe toepassingsdomeinenVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Geavanceerde AI-gedreven Bioinformatica Oplossingen voor Performante PeptidoomanalyseVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Een nieuw tijdperk voor proteomics-gebaseerde proteïne PTM analyse met deep learningVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Een nieuw fragment-gecentreerd perspectief op proteomics.Vanaf1 mei 2022 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- Verbeterde machine leren-gebaseerde bioinformatica toepassingen om veel gevoeliger neo– en xeno-epitoop landschappen in kaart te brengen door middel van immunopeptidoom analyse.Vanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Proteoom-gebaseerde epitopen voor sterk verbeterde ontwikkeling van antikanker en antibacteriële vaccins.Vanaf1 jan 2021 → HedenFinanciering: BOF - projecten
Publicaties
1 - 10 van 231
- Machine learning on large-scale proteomics data identifies tissue and cell-type specific proteins(2023)
Auteurs: Tine Claeys, Maxime Menu, Robbin Bouwmeester, Lennart Martens
Pagina's: 1181 - 1192 - Quality control for the target decoy approach for peptide identification(2023)
Auteurs: Elke Debrie, Milan Malfait, Ralf Gabriels, Arthur Declercq, Adriaan Sticker, Lennart Martens, Lieven Clement
Pagina's: 350 - 358 - Toward an integrated machine learning model of a proteomics experiment(2023)
Auteurs: Benjamin A. Neely, Viktoria Dorfer, Lennart Martens, Isabell Bludau, Robbin Bouwmeester, Sven Degroeve, Eric W. Deutsch, Siegfried Gessulat, Lukas Kaell, Pawel Palczynski, et al.
Pagina's: 681 - 696 - Updated MS²PIP web server supports cutting-edge proteomics applications(2023)
Auteurs: Arthur Declercq, Robbin Bouwmeester, Cristina Chiva, Eduard Sabido, Aurelie Hirschler, Christine Carapito, Lennart Martens, Sven Degroeve, Ralf Gabriels
Pagina's: W338 - W342 - lesSDRF is more : maximizing the value of proteomics data through streamlined metadata annotation(2023)
Auteurs: Tine Claeys, Tim Van Den Bossche, Yasset Perez-Riverol, Kris Gevaert, Juan Antonio Vizcaíno, Lennart Martens
- The nutritional composition and cell size of microbial biomass for food applications are defined by the growth conditions(2023)
Auteurs: Myrsini Sakarika, Frederiek-Maarten Kerckhof, Lotte Van Peteghem, Alexandra Pinto Martins Pereira, Tim Van Den Bossche, Robbin Bouwmeester, Ralf Gabriels, Delphi Van Haver, Barbara Ulčar, Lennart Martens, et al.
- Unipept Desktop 2.0 : construction of targeted reference protein databases for metaproteogenomics analyses(2023)
Auteurs: Pieter Verschaffelt, Alessandro Tanca, Marcello Abbondio, Tim Van Den Bossche, Tibo Vande Moortele, Peter Dawyndt, Lennart Martens, Bart Mesuere
Pagina's: 2620 - 2628 - MS2Rescore : data-driven rescoring dramatically boosts immunopeptide identification rates(2022)
Auteurs: Arthur Declercq, Robbin Bouwmeester, Aurélie Hirschler, Christine Carapito, Lennart Martens
- Pout2Prot : an efficient tool to create protein (sub)groups from Percolator Output Files(2022)
Auteurs: Kay Schallert, Bart Mesuere, Dirk Benndorf, Lennart Martens
Pagina's: 1175 - 1180 - Unipept visualizations : an interactive visualization library for biological data(2022)
Auteurs: Pieter Verschaffelt, James Collier, Alexander Botzki, Lennart Martens, Peter Dawyndt, Bart Mesuere, Russell Schwartz
Pagina's: 562 - 563
Patenten
1 - 1 van 1