Onderzoeker
Klaas Vandepoele
- Trefwoorden (Ghent University):systeembiologie, bioinformatica, Plantenbiotechnologie
- Disciplines (Flanders Institute for Biotechnology):Celdood en senescentie, Invasiebiologie, Epigenomics, Auto-ecologie, Biogeografie en fylogeografie
- Disciplines (Ghent University):Ontologieën, datacuratie en text mining, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Systeembiologie niet elders geclassificeerd, Cel- en moleculaire biologie van planten, Single-cell data analyse, Analyse van next-generation sequence data, Bio-informatica en computationele biologie niet elders geclassificeerd, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie
Affiliaties
- Vandepoele Lab (Onderzoeksgroep)
Verantwoordelijke
Vanaf1 jan 2018 → Heden - De Veylder Lab (Onderzoeksgroep)
Lid
Vanaf1 jan 2017 → 31 dec 2017 - Vakgroep Plantenbiotechnologie en Bio-informatica (Departement)
Lid
Vanaf1 dec 2000 → Heden
Infrastructuur
1 - 1 van 1
- ELIXIR België (Consortium partner)
Projecten
1 - 10 of 18
- De verborgen tuin: adaptatie en evolutie van diatomeeën in benthische habitatsVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: BOF - projecten
- Beoordeling van de rollen van endogene en omgevingsfactoren die de celgrootteverdeling en seksuele reproductie in benthische diatomeeënpopulaties regelenVanaf1 nov 2022 → HedenFinanciering: FWO mandaten
- Het in kaart brengen van functionele componenten van de diverse levenscycli in diatomeeën.Vanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- SpatialConnect: het connecteren van weefselbiologie met de spatiale genexpressie per individuele celVanaf1 mei 2022 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- Identificatie van het gen regulerende netwerken vasculaire ontwikkeling in planten - een vergelijkende benadering op single-cell resolutieVanaf1 okt 2021 → 14 okt 2022Financiering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Enzym biodiscovery-pijplijnoptimalisatie via toolbox-ontwikkelingVanaf1 sep 2021 → HedenFinanciering: VLAIO - Catalisti - cSBO
- Software ontwikkeling voor ontdekking en prioritizering van genen belangrijk voor plant-eigenschappen op basis van single-cell moleculaire profilering.Vanaf1 jun 2021 → 31 dec 2023Financiering: IOF - technologie validatie in labo
- Reproductieve barrières, interspecifieke gene flow en diversificatie in een wereldwijd voorkomende pennate diatomeeVanaf1 jan 2021 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Van modelsysteem tot gewas: een network-gebaseerde benadering voor het accuraat vertalen van biologische kennis in plantenVanaf1 okt 2019 → HedenFinanciering: BOF - projecten
- ELIXIR Infrastructuur voor Data en Services om Life-Sciences Onderzoek in Vlaanderen te versterkenVanaf1 jan 2019 → 31 dec 2022Financiering: FWO Internationale onderzoeksinfrastructuur (IRI)
Publicaties
91 - 100 van 133
- A functional and evolutionary perspective on transcription factor binding in Arabidopsis thaliana(2014)
Auteurs: Ken Heyndrickx, Jan Van de Velde, Congmao Wang, Detlef Weigel, Klaas Vandepoele
Pagina's: 3894 - 3910 - Big data and other challenges in the quest for orthologs(2014)
Auteurs: Erik LL Sonnhammer, Toni Gabaldón, Alan W Sousa da Silva, Maria Martin, Marc Robinson-Rechavi, Brigitte Boeckmann, Paul D Thomas, Christine Dessimoz, the Quest Orthologs Consortium, Michiel Van Bel, et al.
Pagina's: 2993 - 2998 - A parallel, distributed-memory framework for comparative motif discovery(2014)Volume: 8385
Auteurs: Dieter De Witte, Michiel Van Bel, Pieter Audenaert, Piet Demeester, Bart Dhoedt, Klaas Vandepoele, Jan Fostier, R Wyrzykowski, J Dongarra, K Karczewski, et al.
Pagina's: 268 - 277 - MAGIC: access portal to a cross-platform gene expression compendium for maize(2014)
Auteurs: Qiang Fu, Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez, Pieter Meysman, Klaas Vandepoele, Kathleen Marchal, Kristof Engelen
Pagina's: 1316 - 1318 - Structural and functional partitioning of bread wheat chromosome 3B(2014)
Auteurs: Frédéric Choulet, Adriana Alberti, Sébastien Theil, Natasha Glover, Valérie Barbe, Josquin Daron, Lise Pingault, Pierre Sourdille, Arnaud Couloux, Etienne Paux, et al.
- A generic tool for transcription factor target gene discovery in Arabidopsis cell suspension cultures based on tandem chromatin affinity purification(2014)
Auteurs: Aurine Verkest, Thomas Abeel, Ken Heyndrickx, Jelle Van Leene, Christa Lanz, Eveline Van De Slijke, Nancy De Winne, Dominique Eeckhout, Geert Persiau, Frank Van Breusegem, et al.
Pagina's: 1122 - 1133 - SHUGOSHINs and PATRONUS protect meiotic centromere cohesion in Arabidopsis thaliana(2014)
Auteurs: Linda Zamariola, Nico De Storme, Katrijn Vannerum, Klaas Vandepoele, Susan J Armstrong, F Christopher H Franklin, Danny Geelen
Pagina's: 782 - 794 - Drought tolerance conferred to sugarcane by association with Gluconacetobacter diazotrophicus: a transcriptomic view of hormone pathways(2014)
Auteurs: Lívia Vargas, Ailton B Santa Brigida, José P Mota Filho, Thais G de Carvalho, Cristian A Rojas, Dries Vaneechoutte, Michiel Van Bel, Laurent Farrinelli, Paulo CG Ferreira, Klaas Vandepoele, et al.
- Convergent gene loss following gene and genome duplications creates single-copy families in flowering plants(2013)
Auteurs: Riet De Smet, Keith L Adams, Klaas Vandepoele, Marc Van Montagu, Steven Maere, Yves Van de Peer
Pagina's: 2898 - 2903 - TRAPID : an efficient online tool for the functional and comparative analysis of de novo RNA-Seq transcriptomes(2013)
Auteurs: Michiel Van Bel, Sebastian Proost, Christophe Van Neste, Dieter Deforce, Yves Van de Peer, Klaas Vandepoele