Onderzoeker
Filip Van Nieuwerburgh
- Trefwoorden:Massively parallel sequencing, Toegepaste bio-informatica
- Disciplines:Farmogenetica en -genomica, Genetica, Epigenetica, Immunogenetica
Affiliaties
- Vakgroep Geneesmiddelenleer (Departement)
Lid
Vanaf1 sep 1999 → Heden
Infrastructuur
1 - 1 van 1
- PromethION: nanopore sequencer met hoge doorvoer voor DNA en RNA sequenering met lange leeslengte. (Consortium coordinator)
Projecten
1 - 10 of 26
- Ontrafelen van de rol van het immuunsysteem bij de ontwikkeling van hypergranulatieweefsel in wonden bij paardenVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- Extracellulaire vesikels uit het follikelvocht zijn sleutelfactoren voor een betere ontwikkeling van verse en gevitrificeerde eicellen bij het paardVanaf16 okt 2023 → HedenFinanciering: BOF - postdoctorale mandaten
- qPCR systeem voor kwaliteitscontrole van NGS staalvoorbereiding, meting van genexpressie, hybridisatiecurve, en smeltcurve analyseVanaf15 dec 2022 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Cofinanciering kernfaciliteit - Gent Licht Microscopie (GLiM)Vanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Cofinanciering core facility - UGent NGS CoreVanaf1 jul 2022 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- Modulaire high-end massaspectrometer voor ultragevoelige kwantificatie en beeldvorming van kleine organische moleculen in cross-health onderzoek - MSsmall-XHVanaf1 mei 2022 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- Empirische exploratie van nieuwe DNA probes voor hybridisatie met tandem repeatsVanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Nanopore-sequencing van complete farmacogenen na CRISPR/Cas9-verrijking bij tamoxifen- en clopidogrel-patiënten, waardoor verbeterde haplotypering en voorspelling van de werkzaamheid met machine learning mogelijk is.Vanaf1 okt 2021 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- PEA histon modificatie proteomicsVanaf1 mrt 2021 → 31 dec 2023Financiering: IOF - technologie validatie in labo
- Stimulated emission depletion microscopy (STED): Nanoscopie voor innovatief onderzoek in de levenswetenschappenVanaf1 mei 2020 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
Publicaties
191 - 200 van 274
- Differential transcriptome analysis of the common shrimp Crangon crangon: special focus on the nuclear receptors and RNAi-related genes(2015)
Auteurs: Olivier Christiaens, Daan Delbare, Christophe Van Neste, Na Yu, Ruben De Wilde, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Kris Cooreman, Guy Smagghe
Pagina's: 163 - 177 - Whole genome amplification with SurePlex results in better copy number alteration detection using sequencing data compared to the MALBAC method(2015)
Auteurs: Lieselot Deleye, Dieter De Coninck, CHRISTODOULOS CHRISTODOULOU, Tom Sante, Annelies Dheedene, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh
- Viral small-RNA analysis of Bombyx mori larval midgut during persistent and pathogenic cytoplasmic polyhedrosis virus infection(2015)
Auteurs: Aris Zografidis, Filip Van Nieuwerburgh, Anna Kolliopoulou, Konstantinos Apostolou-Karampelis, Steven R Head, Dieter Deforce, Guy Smagghe, Luc Swevers
Pagina's: 11473 - 11486 - Validation of a sensitive DNA walking strategy to characterise unauthorised GMOs using model food matrices mimicking common rice products(2015)
Auteurs: Marie-Alice Fraiture, Philippe Herman, Isabel Taverniers, Marc De Loose, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Nancy H. Roosens
Pagina's: 1259 - 1265 - A doubling of microphytobenthos biomass coincides with a tenfold increase in denitrifier and total bacterial abundances in intertidal sediments of a temperate estuary(2015)
Auteurs: Helen Decleyre, Kim Heylen, Koen Sabbe, Bjorn Tytgat, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh, Carl Van Colen
- 16S rRNA Amplicon sequencing demonstrates that indoor-reared bumblebees (Bombus terrestris) harbor a core subset of bacteria normally associated with the wild host(2015)
Auteurs: Ivan Meeus, Annelies Billiet, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Felix Wäckers, Peter Vandamme, Guy Smagghe
- Whole exome sequencing as a novel tool for the detection of modifier genes in Pseudoxanthoma elasticum(2015)Volume: 23
Auteurs: Eva De Vilder, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Ludovic Martin, Georges Lefthériotis, Paul Coucke, Anne De Paepe, Olivier Vanakker
Pagina's: 106 - 107 - An heuristic filtering tool to identify phenotype-associated genetic variants applied to human intellectual disability and canine coat colors(2015)
Auteurs: Bart Broeckx, Frank Coopman, Geert Verhoeven, Tim Bosmans, Ingrid Gielen, Walter Dingemanse, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh
- Improved canine exome designs, featuring ncRNAs and increased coverage of protein coding genes(2015)
Auteurs: Bart Broeckx, Christophe Hitte, Frank Coopman, Geert Verhoeven, Sarah De Keulenaer, Ellen De Meester, Thomas Derrien, Jessica Alfoldi, Kerstin Lindblad-Toh, Tim Bosmans, et al.
- Whole exome sequencing the dog(2015)
Auteurs: Bart Broeckx, Christophe Hitte, Frank Coopman, Geert Verhoeven, Sarah De Keulenaer, Ellen De Meester, Thomas Derrien, Jessica Alfoldi, Kerstin Lindblad-Toh, Tim Bosmans, et al.
Pagina's: 78 - 78
Patenten
1 - 2 van 2
- Hydrolysis-based probe and method for STR genotyping (Inventor)
- Probe and method for STR-genotyping (Inventor)