Riboproteogenomics van het sORF-gecodeerde Salmonellapeptidoom

Recente ontwikkelingen in het onderzoeksveld van ribosoomprofilering maakten de studie van eiwittranslatie op een genoomschaal mogelijk door middel van massieve parallelle sequentie analyse van ribosoom-beschermde boodschapper-RNA-fragmenten Wanneer ribosoomprofilering gecombineerd wordt met het immobiliseren van 70S ribosoom translatie-initiatie complexen in bacteriën, vergemakkelijkt dit de identificatie van kleine open leesramen op een genoom-wijde schaal In dit project wensen we de biogenese van nieuw geïdentificeerde kleine open leesramen (sORFs) te bestuderen in de bacteriële pathogeen Salmonella, en de resulterende translatieproducten - of sORF gecodeerde polypeptiden (SEPs) - functioneel te karakteriseren

Hiervoor zullen we gebruik maken van state-of-the-art proteoom-, interactoom- en genoom-gebaseerde technologieën Met deze riboproteogenomics aanpak zullen unieke inzichten verkregen worden in SEP-biologie in een model bacteriële pathogeen De veranderingen in bacteriële sORF-expressie in infectierelevante condities zullen mogelijk nieuwe bacteriële virulentiefactoren onder de aandacht brengen, waardoor deze mogelijks een basis verschaffen voor de ontwikkeling van nieuwe antimicrobiële behandelingen, en een snellere en meer accurate detectie van infectieziekten mogelijk maken