qPCR systeem voor kwaliteitscontrole van NGS staalvoorbereiding, meting van genexpressie, hybridisatiecurve, en smeltcurve analyse

In het UGent NXTGNT NGS sequencing-laboratorium heeft het Roche LightCycler 480 II qPCR-systeem vele UGent-onderzoekers van verschillende faculteiten gediend, en heeft het bijgedragen aan honderden publicaties. Ook tientallen externe universiteiten, instellingen en commerciële partners hebben van het systeem geprofiteerd. De meeste van deze onderzoekers gebruikten het systeem indirect door NGS-staalvoorbereiding uit te voeren in het NXTGNT-lab, waarbij een kwantificatie van de sequentieerbare fragmenten wordt uitgevoerd. Bovendien wordt het systeem door verschillende groepen gebruikt om genexpressieanalyse, CRISPR-Cas9-splitsingsefficiëntie en smeltcurve-analyse met hoge resolutie uit te voeren.

Het bestaande systeem is sinds 2009 bijna dagelijks in gebruik en moet worden vervangen. Door slijtage zijn de metingen onbetrouwbaar geworden. De frequente en kostelijke herstellingen aan een toestel dat volledig is afgeschreven, zijn niet meer te verantwoorden.