< Terug naar vorige pagina

Project

Het bioactieve microbioom - bescherming van de gastheer op verzoek

Het algemene doel is het ontrafelen van de rol van microbiota in de bescherming van de gastheer door de productie van bioactieve verbindingen in reactie op door de gastheer afgegeven signalen, en het benutten van deze kennis om nuttige microben te ontwikkelen die kunnen worden gebruikt voor ziektepreventie. We zullen de rol van gastheer-pathogeen interacties analyseren en de rol vaststellen van gastheerspecifieke signalering in de controle van biosynthese van natuurlijke producten door actinobacteriën, in het bijzonder in de productie van antibiotica. Uit metagenomische datasets (bv. Human Microbiome Project) weten we dat het menselijk microbioom duizenden biosynthetische genclusters (BGC's) codeert, waarvan de meeste nog niet gekarakteriseerd zijn. Bovendien is er een enorme verscheidenheid aan soorten aanwezig in het darmmicrobioom, waarvan een aanzienlijk deel nooit is geïsoleerd. Ook is vastgesteld dat bacteriën die met de beschikbare methoden kunnen worden gekweekt, vaak niet (al) hun BGC's tot expressie brengen onder standaard laboratoriumomstandigheden, omdat zij sterk afhankelijk zijn van ecologische signalen. De uitdaging is de kweekomstandigheden te identificeren die de biosynthese van de bioactieve stoffen uitlokken, zodat hun functie en structuur kunnen worden bestudeerd. Gastheer-geassocieerde bacteriën zouden antibiotische verbindingen kunnen produceren in aanwezigheid van stresssignalen van de gastheer, zoals werd aangetoond voor plant-geassocieerde bacteriën. We zullen een combinatie van metabolomics en bioassays gebruiken om veranderingen in de productie van secundaire metabolieten na toevoeging van menselijke hormonen en andere potentiële signaalmoleculen te bepalen. De nadruk ligt op secundaire metabolieten met antimicrobiële activiteit.

Datum:8 sep 2022 →  Heden
Trefwoorden:Natural products, antimicrobials, host signals, human microbiome, host-microbe interaction
Disciplines:Chemische en fysische ecologie, Microbiomen, Andere organische elementen en verbindingen
Project type:PhD project