Pathogene bacteriën en proteïne-proteïne interacties doorscheuren

Ribosomaal gesynthetiseerde en post-translationeel gemodificeerde peptiden (RiPPs) zijn een groeiende klasse van chemisch en structureel diverse bacteriële natuurlijke producten. Vele vertonen therapeutisch belangrijke biologische activiteiten, zoals antibiotische, antischimmel-, insecticide- en antikankeractiviteiten. De enzymen die RiPPs aanmaken zijn tolerant naar aminozuur mutaties. In combinatie met een toename van methoden om meerdere mutaties te introduceren, opent dit de deur naar het genereren van banken van RiPP-varianten voor screening op verbeterde eigenschappen. Sactipeptiden zijn macrocyclische RiPPs met een karakteristieke haarpin structuur die een aantrekkelijk startpunt biedt voor de ontwikkeling van nieuwe bioactieve macrocyclische peptiden. Door de promiscuïteit van RiPP-biosynthese te combineren met een microfluïdisch platform, wil ik de grenzen verleggen van RiPP-engineering voor therapeutische toepassingen. In dit project streef ik er naar om unieke sactipeptide-bibliotheken te screenen op varianten met antimicrobiële activiteit tegen oncogene darmbacteriën en op selectieve inhibitoren van proteïne-proteïne interacties die het type VI secretiesysteem in Vibrio cholera kunnen uitschakelen.