< Terug naar vorige pagina
Project
Ontcijferen van bacteriële persistentie in individuele cellen tot op atomair niveau (FWOEOS16)
Urineweginfecties (UTI's) vormen een wereldwijd gezondheidsprobleem en worden voornamelijk veroorzaakt
door uropathogene Escherichia coli (UPEC). Het falen van antibioticumbehandelingen en de chronische aard
van UTI's worden toegeschreven aan een kleine fractie van tijdelijk niet-groeiende, antibioticumtolerante
cellen, persistors genaamd. Een innovatieve manier om chronische UTI's te genezen zou eruit bestaan om
ontwaken van persistorcellen te induceren, waardoor ze opnieuw gevoelig worden voor conventionele
antibiotica. Helaas is de huidige kennis over ontwaken eerder beperkt, wat de ontwikkeling van antipersistormedicijnen bemoeilijkt. Het doel van dit project is om het ontwaken van UPEC-persistors tot op
atomair niveau te bestuderen. Om dit doel te bereiken hebben we een sterk multidisciplinair consortium
samengesteld met zeer complementaire expertise. Eerst zullen we met behulp van single-cell RNA-seq en
screening van een CRISPRi-bibliotheek nieuwe genen en regulatorische RNA's identificeren die betrokken zijn
bij ontwaken. Daarnaast zullen we persistor effectoren karakteriseren met behulp van genetische,
biochemische en structurele benaderingen. Ten slotte zullen we bevindingen valideren in een verzameling
klinisch relevante stammen en een intracellulair infectiemodel. Dit project zal leiden tot nieuwe inzichten in
ontwaken van persistorcellen en zal de weg vrijmaken voor de ontwikkeling van anti-persistormedicijnen om
UTI’s te behandelen.
door uropathogene Escherichia coli (UPEC). Het falen van antibioticumbehandelingen en de chronische aard
van UTI's worden toegeschreven aan een kleine fractie van tijdelijk niet-groeiende, antibioticumtolerante
cellen, persistors genaamd. Een innovatieve manier om chronische UTI's te genezen zou eruit bestaan om
ontwaken van persistorcellen te induceren, waardoor ze opnieuw gevoelig worden voor conventionele
antibiotica. Helaas is de huidige kennis over ontwaken eerder beperkt, wat de ontwikkeling van antipersistormedicijnen bemoeilijkt. Het doel van dit project is om het ontwaken van UPEC-persistors tot op
atomair niveau te bestuderen. Om dit doel te bereiken hebben we een sterk multidisciplinair consortium
samengesteld met zeer complementaire expertise. Eerst zullen we met behulp van single-cell RNA-seq en
screening van een CRISPRi-bibliotheek nieuwe genen en regulatorische RNA's identificeren die betrokken zijn
bij ontwaken. Daarnaast zullen we persistor effectoren karakteriseren met behulp van genetische,
biochemische en structurele benaderingen. Ten slotte zullen we bevindingen valideren in een verzameling
klinisch relevante stammen en een intracellulair infectiemodel. Dit project zal leiden tot nieuwe inzichten in
ontwaken van persistorcellen en zal de weg vrijmaken voor de ontwikkeling van anti-persistormedicijnen om
UTI’s te behandelen.
Datum:1 jan 2022 → Heden
Trefwoorden:Bacteriële persistentie, reanimatie, ontwaken, CRISPRi, eencellige RNA-seq, cellulair infectiemodel, obg, (p)ppGp
Disciplines:Bacteriologie, Celgroei en -ontwikkeling, Transcriptomics, Single-cell data analyse, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie, Structurele biologie, Interactomics, Medicinale chemie