Detectie van zoönotische bacteriën in knaagdierstalen uit Afrika aan de hand van 16S metagenomic sequencing.

Hoewel de meeste opkomende infectieziekten afkomstig zijn van wilde dieren, zijn de ecologische mechanismen die verklaren hoe parasieten overleven en overspringen op de mens niet goed begrepen. Dit komt omdat pathogenen bij wilde dieren meestal onopgemerkt blijven totdat ze ook mensen infecteren en omdat wilde dieren geen deel uitmaken van surveillanceprogramma's (bv. in tegenstelling tot vee). Als onderdeel van mijn postdoc project, zal ik onderzoeken hoe zoönotische bacteriën overleven in knaagdiergemeenschappen in Afrika. Ik zal in die gemeenschappen onderzoeken welke knaagdiersoorten reservoirs zijn van deze bacteriën en welke secundaire gastheren. Dit zal toelaten twee belangrijke vragen in het vakdomein ecologie te testen: (i) Welke factoren bepalen de persistentie van multi-gastheer pathogenen?; (ii) Heeft de structuur van de knaagdiergemeenschap een invloed op co-infectiepatronen. Om deze vragen te testen heb ik knaagdieren gevangen in de Democratische Republiek Congo en Tanzania in verschillende habitats waar de knaagdiergemeenschappen verschillen. Oorspronkelijk zou ik deze stalen screenen op de aanwezigheid van twee modelbacteriën (anaplasma en bartonella) omdat we die we vaak in knaagdiergemeenschappen aantreffen met behulp van PCR en Sanger-sequencing. De extra BOF-financiering zou ik echter gebruiken om de stalen te screenen op de aanwezigheid van alle bacteriën met behulp van MinION-sequencing. De MinION is een derde generatie sequencer met de mogelijkheid om grote DNA-fragmenten te analyseren. Dit zal de kwaliteit van het werk aanzienlijk verbeteren aangezien het mogelijk zal zijn de stalen te screenen op alle mogelijke pathogene bacteriën in multiplex. Ik verwacht immers dat met metagenomics sequencing veel meer pathogenen zal detecteren die meerdere knaagdiergastheren infecteren. Deze nieuwere techniek zal dus toelaten de twee onderzoeksvragen overtuigender te beantwoorden.

Trefwoorden:KNAAGDIEREN

Disciplines:Gemeenschapsecologie, Bacteriologie, Infectieziekten, Microbiomen