Lassa-virus: het ontrafelen van de interne evolutiedynamiek van acute en hardnekkige infecties en de virulentie-evolutie onder de gastheren

Lassakoorts is een acute virale hemorragische ziekte die veroorzaakt wordt door het Lassavirus (LASV) en één van de prioritaire ziekten volgens de Wereldgezondheidsorganisatie. De hoge incidentie in Nigeria, een jaarlijkse stijging van 200-300 gevallen sinds 2017, en een sterftecijfer van 20% benadrukken de dringende noodzaak om het LASV-onderzoek te intensiveren. Met dit doel werden in 2018 twee grote longitudinale onderzoeken bij Lassakoorts-patiënten gestart in Nigeria, wat resulteerde in een unieke collectie van longitudinale stalen voor meer dan 150 deelnemers. Deze studies bieden een beter begrip van LASV-viremie en persistentie, maar hoezeer deze factoren worden beïnvloed door de evolutie van het virus in de gastheer blijft onbeantwoord. Om deze kenniskloof te dichten gaan we LASV genoomgegevens genereren uit longitudinale stalen in combinatie met diepgaande evolutionaire analyses om de LASV-evolutie te karakteriseren in het bloed tijdens acute infectie en vervolgens in lichaamsvloeistoffen. Daarnaast zullen we innovatieve fylogenetische methodes gebruiken om virale genomische determinanten te bepalen van de ernst, de uitkomst en de virale persistentie van LASV infectie. Dit zal de eerste uitgebreide analyse zijn van intra-host LASV variatie en de eerste fylogenomische analyse om virale virulentie factoren te bepalen. In het algemeen zal dit project bijdragen tot een veel beter inzicht in van LASV-infectie, uitkomst en evolutionaire dynamiek.