Zeer nauwkeurige long-read amplicon-sequencing voor stamniveau-analyses van microbiële opeenvolging tijdens kolonisatie van de menselijke darm.

De afgelopen decennia is gebleken dat bacteriële gemeenschappen op en in het lichaam een enorme impact hebben op de gezondheid en het welzijn van de mens. Ondanks onze sterk toegenomen kennis over het humaan darmmicrobioom, is er nog weinig geweten over de kolonisatie van de darm door microbiële stammen. Kennis van de opeenvolging van verschillende bacteriële soorten en families zou kunnen leiden tot adequatere behandelingen van ziekten die gelinkt zijn aan zogenaamde verstoringen van de darmmicrobiota. Op dit moment zijn er echter ook technologische aspecten die een gedetailleerde karakterisatie van complexe microbiële gemeenschappen verhinderen.

In dit project zal, aan de hand van dicht opeenvolgende fecale stalen van pasgeborenen, de kolonisatie van de humane darm bestudeerd worden. Hiervoor zal eerst een technologische verbetering op punt gesteld worden, die toelaat om zeer nauwkeurige, lange ampliconsequenties te bekomen. De lengte van deze sequenties zal toelaten om de bacteriële samenstelling van de complexe microbiële gemeenschap op species en op stamniveau te bestuderen. Vervolgens zal deze techniek gebruikt worden om een dense fecale stalenset van pasgeborenen te analyseren. Deze stalenset bestaat initieel uit stalen afkomstig van 2 baby’s van wie de eerste maanden (tot maand 24) dagelijks fecale stalen zijn gecollecteerd. Aan de hand van de observaties in deze twee pasgeborenen, zullen vervolgens bijkomende staalnames worden georganiseerd, gericht op potentieel belangrijke episodes in de kolonisatie van de darm.

De uitkomst van dit project is dus enerzijds een technologische verbetering die nauwkeurige analyses van complexe microbiële gemeeschappen toelaat en anderzijds een eerste diepgaand inzicht in de bacteriële kolonisatie van de humane darm.