< Terug naar vorige pagina

Project

Identificatie van compenserende mutaties in XDR-Mtb stammen: het begrijpen van de dynamica en de mechanismen van transmissie.

Tuberculose (TBC) blijft een bedreiging voor de wereldwijde gezondheid. De ontwikkeling van drug resistentie en vooral de aanwezigheid van extensively drug resistant (XDR) strains van Mycobacterium tuberculosis (Mtb) vormt een groot probleem voor de controle van TBC. Transmissie van XDR-Mtb stammen gaat in tegen het dogma dat XDR-Mtb stammen minder transmissie ondergaan door de cumulatieve fitness cost van drug resistentie veroorzakende mutaties. Voor stammen met rifampicine resistentie bijvoorbeeld, is reeds aangetoond dat mycobacteria mutaties in het rpoC gen verkrijgen om de fitness cost te compenseren. Aangezien er een beperkt voorkomen is van voldoende grote datasets met XDR-Mtb stammen, is de transmissie van XDR-Mtb stammen en het effect van compenserende mutaties om de fitness cost te overwinnen, weinig bestudeerd. Het FWO-gefinancierde TORCH consortium heeft een database met volledige genoomsequenties van ongeveer 1000 XDR-Mtb stammen verzameld in de Westkaap Provincie in Zuid-Afrika gedurende een periode van 14 jaar (2006 tot 2019). Deze unieke dataset van XDR stammen laat een brede analyse toe van de transmissie dynamica en evolutionaire mechanismen van XDR-Mtb stammen. Door een spatio-temporale analyse van de XDR-Mtb stammen uit te voeren om te identificeren welke stammen transmissie ondergaan, gecombineerd met een bio-informatische analyse, kunnen we nieuwe compenserende mutaties vinden en hun relatieve bijdrage tot de transmissie bepalen.
Datum:1 nov 2020 →  31 okt 2021
Trefwoorden:INFECTIES
Disciplines:Analyse van next-generation sequence data, Bio-informatica van ziekten, Computationele evolutionaire biologie, comparatieve genomics en populatiegenomics, Moleculaire evolutie, Fylogenie en vergelijkende analyse
Project type:Samenwerkingsproject