< Terug naar vorige pagina

Project

Systematische identificatie van genetische interacties in planten met behulp van een combinatorische CRISPR screen pijplijn

Genetische interacties komen voor wanneer het effect van een gen aangepast is door één of meerdere andere genen. Redundantie is een type interactie en interfereert met het onderzoek naar genfuncties, omdat mutaties in individuele genen niet altijd leiden tot een duidelijk fenotype. Veel studies hebben systematisch genetische interactors geïdentificeerd in schimmels en zoogdieren, maar slechts enkele experimenten werden uitgevoerd in planten. Dit komt door het tekort aan efficiënte screens in planten, zoals CRISPR screens, die het vinden van interacties mogelijk maakt. In een CRISPR screen wordt een populatie gemuteerd door het uitschakelen van specifieke doelwitgenen en wordt dan gekeken voor een specifiek fenotype. In dit project zal ik tools en technieken ontwikkelen voor de optimalisatie van de CRISPR screening pijplijn om genetische interacties in planten te onderzoeken. Om dit te doen, zal ik een bioinformatica tool maken dat simultaan guides en primers voor genotypering kan ontwerpen. Daarna zal ik een CRISPR screen uitvoeren op 50 leden van de MAP3K gen familie met een verschillend aantal guides per vector om een optimale screen grootte te bepalen. Met deze dataset zal ik tests ontwikkelen voor genetische interacties. In de laatste fase zullen genen met voorspelde interacties in B. Napus gescreened worden in Arabidopsis. Uiteindelijk zal ik een pijplijn gecreëerd hebben dat wetenschappers in staat stelt snel genetische interacties te vinden in hun planten systeem.

Datum:1 nov 2020 →  Heden
Trefwoorden:genetische interacties, Bioinformatics tool ontwikkeling, CRISPR screens
Disciplines:Coderingstools en -technieken, testen en debuggen, Biochemie van planten, Genomics, Gewaswetenschappen, Cel- en moleculaire biologie van planten