Ontwikkeling van individueel-specifieke moleculaire netwerken (WP2,3)

Het beschrijven van een systeem impliceert het beschrijven van zijn gedrag en belangrijke controlemechanismen die dit gedrag reguleren. Cruciaal in dit proces zijn interacties, die op verschillende niveaus of schalen kunnen plaatsvinden, en daarom worden netwerktheorie en netwerkvisualisatie steeds vaker gebruikt om biologische mechanismen die in menselijke systemen werken te begrijpen. Het is echter waarschijnlijk dat een individu, vooral wanneer hij in slechte gezondheid verkeert, zal afwijken van de "norm" in menselijke systemen. In dit project willen we omics data-integratieve gen-gebaseerde netwerken ontwikkelen om precisiegeneeskunde te bewerkstelligen. Dergelijk netwerken kunnen de identificatie mogelijk maken van gen-modules die persoonsgebonden zijn en meerlagige cellulaire informatie bevatten. Het gaat verder dan bestaand werk doordat genen worden beschouwd als complexe multi-omics- systemen en doordat we statistische significantie willen afleiden voor persoonsgebonden netwerken (in tegenstelling tot bijvoorbeeld Menche et al. 2017 en Kuijjer et al. 2018). We willen ons doel bereiken door voort te bouwen op de aangehaalde referenties en op ons werk rond gen-representaties met behulp van “diffusie-kernels” en netwerktheorie (Fouladi et al. 2018). Gepersonaliseerde gen omics-integratieve karakterisaties zullen voornamelijk worden afgeleid door genoom-, transcriptoom- en/of epigenoom data te combineren in het kader van complexe ziektes met een inflammatoire component.