Onderzoek naar de proteostatische ineenstorting veroorzaakt door aggregatie-inducerende bacteriedodende peptiden

k maakte deel uit van het onderzoek om een nieuwe klasse antibiotica te ontwikkelen gebaseerd op het concept dat amyloïdeachtige aggregatie gestuurd wordt door korte aggregatiegevoelige regio’s in de eiwitsequentie. Ik ontwikkelde antimicrobiële peptiden, Pept-Ins genaamd, die een aggregatiecascade veroorzaken, die leidt tot de vorming van inclusielichamen, de ineenstorting van het proteoom en de dood van bacteriën. Het doel nu is om het werkingsmechanisme van Pept-Ins te bestuderen om zo tot een beter Pept-In design te komen. Ik zal de samenstelling van inclusielichamen analyseren en de eiwitten in kaart brengen die deel uitmaken van de aggregatiecascade die resulteert in de ineenstorting van eiwithomeostase. Hierbij zal ik gebruik maken van een reeds bestaande proteomische methode, maar ook innovatieve methoden ontwikkelen om eiwitten gevangen in inclusielichamen te sequencen en de proteostatische cascade te visualiseren. Het belang van proteostase voor de gezondheid en de achteruitgang ervan tijdens veroudering wordt al tien jaar erkend, maar de instorting van proteostase wordt nog steeds slecht begrepen. Ik zal het proces van Pept-In geïnduceerde proteostatische collaps, de kinetiek en de gevolgen van inclusielichaamsvorming ontleden om te verklaren waarom de Pept-In geïnduceerde inclusielichamen dodelijk zijn voor bacteriën. Dit laat toe om de werkwijze van deze nieuwe klasse antibiotica beter te begrijpen en nog krachtigere antimicrobiële Pept-Ins te ontwerpen.