Ontdekking van nieuwe antibiotica door zeer gevoelige, op genotype gebaseerde selectie met hoge doorvoer?

Antibiotica hebben een revolutie teweeg gebracht in de moderne geneeskunde en zijn noodzakelijk om levensbedreigende infectieziekten te bestrijden. Vele bacteriële pathogenen hebben echter resistentie ontwikkeld tegen belangrijke antibiotica en multidrugresistente stammen zijn zelfs ongevoelig voor verschillende klassen van antibiotica. Het is duidelijk dat er nood is aan nieuwe platformen voor de identificatie van nieuwe antibiotica. De meeste antibiotica in klinisch gebruik zijn afgeleid van natuurlijke producten, voornamelijk gesynthetiseerd door bodemorganismen. Het is algemeen aanvaard dat er nog een enorm onaangeroerd potentieel is in niche-specifieke microbiomen, en in het bijzonder bodems. Dit potentieel is evenwel lang onbereikbaar gebleven. In dit voorstel willen we de kracht van cultuur-onafhankelijke, genotype-gebaseerde selectie exploiteren. Om dit doel te bereiken wordt de mogelijkheid onderzocht van een droplet-gebaseerd platform voor kloonselectie dat de gevoeligheid van PCR combineert met de hoge-doorvoer capaciteit van FACS. We anticiperen dat de selectie en functionele analyse van klonen die genen bevatten waarvan geweten is dat ze betrokken zijn bij antibioticumproductie zal resulteren in een hogere diversiteit van antibiotica, die geselecteerd werden door natuurlijke evolutie.