< Terug naar vorige pagina

Project

Ontwikkeling van een NGS gebaseerd platform voor de ontwikkeling van dsRNA moleculen om plantvirussen te bestrijden.

Gedurende de laatste jaren merken we een stijging van het aantal nieuwe plantvirussen gepaard met een snelle versprijding. Wereldwijde handel, meer intense landbouwprocedures en de klimaatopwarming liggen mee aan de basis hiervan. De landbouwsector heeft nood aan methodes die het mogelijk maken om sneller nieuwe virussen te detecteren om hun verspreiding te kunnen volgen en gepaste maatregels te kunnen nemen. PCR wordt gebruikt als een gevoelige methode om plantvirussen te detecteren. Echter, het gebruik van Next Generation Sequencing (NGS) laat toe om nieuwe virussen te ontdekken. Het traceren van waar en wanneer een virus zich verspreid kan verder onderzocht worden met fylogenetische en fylogeografische analyses. Huidige strategieën voor gerichte plantbeschermingen zijn zeer arbeidsintensief, aangezien de ontwikkeling van resistente gewassen of transgene planten veel tijd vraagt en er veel limiteren regelgeving rond bestaat. Plantbeschermingsmethoden die gebaseerd zijn op het RNA interference mechanisme van de plant zelf worden onderzocht als alternatief. Dit PhD project heeft als doel de ontwikkeling van een platform dat door gebruik te maken van NGS-data, dsRNA moleculen kan ontwikkelen die bescherming bieden tegen nieuwe plantvirussen. Proof-of-principle infectie-experimenten zullen uitgevoerd worden voor twee economisch belangrijke plantvirussen, Pepino Mosaic Virus en Tomato Brown Rugose Fruit Virus. We zullen de distributie van gekende virussen bestuderen, en zoeken naar nieuwe virussen in verschillende collecties van plantstalen. Het ontwikkelde platform zal zeer nuttig zijn voor gewasbescherming, aangezien het ons toelaat om op een snelle manier een strategie te ontwikkelen die bescherming kan bieden tegen nieuwe virussen. Dit zal leiden tot een nieuwe generatie van “state-of-the-art”, “niet transgene”, efficiënte en economisch haalbate strategieën in plantbescherming.

Datum:21 apr 2020 →  Heden
Trefwoorden:RNAi, dsRNA, Next Generation Sequencing, Plant Virology, Plant Protection
Disciplines:Virologie, Fytopathologie
Project type:PhD project