Project
Plantengezondheid bioinformatica netwerk (PHBN )
De detectie van plantenziekten via “high throughput sequencing” (HTS) is een relatief nieuwe en snel evoluerende discipline, met erg uiteenlopende expertise-niveau’s binnen (diagnostische) plantenziektenlabs in Europa. Vooral de bijhorende bio-informatica analyses blijken een moeilijke stap om te nemen voor veel labs. Het gebrek aan standaarden en “best practices” maakt dat velen door het bos de bomen niet meer zien. Binnen dit project willen we de samenwerking en communicatie rond bio-informatica analyses verbeteren tussen verschillende laboratoria. Het kennishiaat tussen labs met weinig tot geen ervaring en labs met veel ervaring met HTS in een plantenziekten-diagnostische context wordt aangepakt.
Onderzoeksaanpak
Het project PHBN is inmiddels beëindigd. Er waren 4 initiatieven: 1) We ontwikkelden opleidingsmateriaal om onervaren labo’s te helpen om van start te gaan. 2) We ontwikkelden complexe (semi-)artificiële datasets die kunnen gebruikt worden om analyse “pipelines” te testen, voor validatie, en om “pipelines” tussen lab te vergelijken. 3) We droegen een deel van de kennis die opgebouwd werd binnen de virologie gemeenschap, over naar andere disciplines door de organisatie van een “community effort”. Daarbij gebruikten de labs hun RNA-seq datasets die gegenereerd werden voor de detectie van virussen, om de aanwezigheid te checken van sequenties van andere relevante organismen, zoals fytoplasma’s, bacteriën en schimmels. 4) Tot slot optimaliseerden we de communicatie tussen de betrokken wetenschappers door alle bekomen data te delen via open databanken.
Relevantie/Valorisatie
De ontwikkelde opleidingsmaterialen en bijhorende referentie datasets zijn goed onthaald door zowel laboratoria met weinig ervaring als door labs met veel ervaring, om nieuwe software te testen en om analyse “pipelines” te vergelijken. De “community effort” om niet-virale sequenties te detecteren in RNA-seq dataset voor virusdetectie heeft ons geleerd dat deze datasets potentieel ook andere pathogenen kunnen detecteren, voornamelijk schimmels en insecten/mijten. Dat kan idealiter op lange termijn leiden naar een “all-in-one” detectie protocol. Alle zaken, ontwikkeld binnen het project, zijn via verschillende open platformen gedeeld. Dat stimuleert samenwerkingen en bevordert een “open science” attitude bij onderzoekers.
FOD Volksgezondheid, Veiligheid van de voedselketen en Leefmilieu