Expansie van T cellen en de Evolutie van Tumor-neoantigenen tijdens Kanker Immunotherapie

Voorspellen welke mutaties kanker-geassocieerde antigenen (of neo-antigenen) zijn is een moeilijke opgave. De huidige algoritmes om neo-epitopen te voorspellen identificeren immers een uitgebreid aantal mogelijke neo-antigenen, maar slechts enkele daarvan zijn daadwerkelijk in staat om een anti-tumor reactie te bewerkstelligen. Desalniettemin, is de identificatie van neo-antigenen uiterst belangrijk, niet alleen om persoonlijke kankervaccinatie te bewerkstelligen, maar ook omdat deze als biomerker kunnen dienen om het effect van checkpoint immunotherapie te voorspellen. Preliminaire data van ons lab hebben aangetoond dat 1/3de borstkankerpatiënten behandeld met checkpoint immunotherapie T cell expansie in de tumor vertoont. In dit project wensen wij aan te tonen dat dit een biomerker is voor response op immunotherapie omdat deze T cellen interageren met tumor neo-antigenen. Om dit aan te tonen zullen we enkele innovatieve single-cell technologieën gebruiken. Meerbepaald zullen we achterhalen welke T cellen en welk T cel receptor repertoire interageert met welk tumor neo-antigen. Door de abundatie van deze neo-antigenen vervolgens tijdens behandeling op te volgen, wensen we aan te tonen dat enkel de neo-antigenen selectief verdwijnen uit de tumor. In dit project zullen we dus onderzoeken of T cel expansie, TCR repertoire en tumor neo-antigenen mogelijke biomerkers zijn voor checkpoint immunotherapie.