< Terug naar vorige pagina

Project

Statistische en computationele benaderingen om real-time phylodynamische inferentie mogelijk te maken

Tijdens uitbraken van besmettelijke ziekten worden grotere hoeveelheden genoomsequenties van pathogenen gegenereerd, in die mate dat huidige computationele raamwerken – zoals dat van de fylodynamische inferentie – moeite hebben om de data op tijd te verwerken. Dit project beoogt de ontwikkeling van statistische en computationele methoden om tijdig epidemiologische en evolutionaire informatie te schatten uit de beschikbare genoomdata. De verspreiding van een pathogeen reconstrueren naarmate meer genetische data beschikbaar gemaakt wordt met de tijd is een typisch scenario waarin fylogenetische inferentie op een ‘online’ manier zou moeten gebeuren. Het doel van dit project is om data toe te voegen aan lopende fylodynamische analyses – die de interactie van epidemiologische, immunologische en evolutionaire processen behandelen en hoe deze interageren om virus fylogenieën vorm te geven – om het tijdsbestek van dergelijke analyses drastisch in te korten telkens wanneer nieuwe data wordt vrijgegeven. Om dit te bereiken is het de bedoeling van dit project om nieuwe statistische en computationele methoden toe te voegen aan een veelgebruikt Bayesiaans raamwerk voor fylodynamische analyses, om zo een breed publiek te bereiken en ons voor te bereiden op de volgende uitbraak.

Datum:1 jan 2020 →  31 dec 2023
Trefwoorden:pathogen phylodynamics, online inference, parallel computation
Disciplines:Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Bio-informatica en computationele biologie niet elders geclassificeerd, Bioinformatica, Modellering en simulatie