Bio-informatisch onderzoek naar het probiotisch beneficiair potentieel van het genus Lactobacillus

Het bacteriële genus Lactobacillus is in het verleden al vaak een bron gebleken van stammen met zowel geclaimde als effectief aangetoonde gezondheidsvoordelen. De selectie van zulke stammen met gezondheidsvoordelen is altijd nogal ad hoc gebeurd. Nu het mogelijk is om de volledige genomen van grote aantallen stammen relatief goedkoop te sequencen, kunnen we in theorie op zoek gaan naar indicatoren voor mogelijke gezondheidsvoordelen in deze genomen. Een aantal van zulke indicatoren zijn al goed beschreven. Bijvoorbeeld, genenclusters voor zogenaamde pili zorgen ervoor dat een bacterie zich kan aanhechten aan de darmwand, wat het moeilijker maakt voor potentiële pathogenen om te koloniseren. Het doel van dit project is om het potentieel van het genus Lactobacillus als bron van bacteriën met een gezondheidsvoordeel beter te leren kennen. We zouden dat op twee manieren doen. Ten eerste willen we de al gekende genenfamilies die coderen voor mogelijks gezondheidsbevorderende eigenschappen karakteriseren in de meer dan 2000 publiek beschikbare genomen van Lactobacillus stammen. Ten tweede willen we op zoek gaan naar volledig nieuwe genenfamilies die lactobacillen toelaten om het menselijk lichaam te koloniseren. We gaan dat doen door verschillende groepen lactobacillen met elkaar te vergelijken die zich vermoedelijk onafhankelijk van elkaar hebben aangepast om in/op ons lichaam te leven. Als deze groepen genen gemeenschappelijk hebben die ontbreken in andere groepen lactobacillen, is dat een sterke indicatie dat deze genen verantwoordelijk zijn voor de adapatatie aan de mens als leefomgeving voor de bacterie.

Trefwoorden:GENOTYPE-FENOTYPE CORRELATIE

Disciplines:Microbiomen