Project
High-throughput mapping van melanoomceltoestanden en overgangen met behulp van gepoolde CRISPR screening met single-cell uitlezing
Ons doel is om het ambitieuze doel te bereiken van het afbakenen van de genregulatienetwerken van elke melanoomceltoestand en de transcriptiefactoren en chromatinemodificatoren en van de dynamische overgangen daartussen, we zullen een systematische screening uitvoeren van honderden menselijke TF's en co-factoren . Daarom zullen we single-cell CRISPR-schermen gebruiken die storende TF's en chromatine-regulatoren mogelijk maken met behulp van CRISPR-gids-RNA's, terwijl tegelijkertijd het transcriptoom of epigonoom van enkele cellen wordt bepaald.
Onze specifieke doelstellingen zijn:
1 Een CRISPR-scherm met eencellige transcriptoomuitlezing (CROP-seq), toegepast op een paneel van TF's en chromatinemodificatoren van celstaten en overgangen
2 Een CRISPR-scherm met epigenome uitlezing van één cel toegepast op dezelfde panelen van TF's en chromatinemodificatoren. Dit doel omvat ook vervolgvalidatie.
3 Blokkering van specifieke klinisch relevante celtoestanden en overgangen, na prioritering, met behulp van epigenetische geneesmiddelen gericht op transcriptionele co-factoren en chromatinemodificatoren