Het opbouwen van een robuust en high-end bioanalytisch platform voor metabolomics

Dit project zal de meest recente technologische onwtikkelingen gebruiken om een state-of-the-art bioanalytisch platform te ontwikkelen dat zijn toepassing zal vinden in metbolomics onderzoek. Het project is onderverdeeld in drie work packages (WPs): WP1: Instrumentele detectie van het metaboloom met innovatieve technieken: Een unieke combinatie van analytische scheidingstechnieken - comprehensive two dimensional liquid chromatography (2D-LC) and ion mobility (IM) - coupled with high resolution accurate mass spectrometry (2D-LC-IM-QTOFMS) – zal gebruikt worden om betere kwalitatieve en kwantitatieve data te verkrijgen in een metabolomics kader. Dit WP zal de optimalisatie van LC-kolommen (verschillende stationaire fasen), mobiele fase gradienten, ion mobility parameters, en massaspectrometrische parameters behelzen. WP2: Data analyse workflow Dit WP zal data processing en bioinformatica strategieën exploreren om de datasets resulterend uit WP1 op de meest efficiënte en volledige manier te benaderen. Dit omhelst allignering van chromatogrammen, normalisatie van signalen en 'noise substraction'. Multivariate statistische testen zullen dan toegepast worden om relevante signalen te filteren (bvb. verschillen tussen een blootgestelde en controlegroep). Identificatie van deze signalen zal gebeuren aan de hand van de retentietijd, CCS-waarde, m/z-waarde, isotooppatroon en fragmentatiepatroon door gebruik te maken van algoritmes (Molecular Formula Generator (Agilent); MetFrag/MetFusion; CFM-ID) en databases (METLIN, LipidMaps, HMDB, IIMDB, MassBank). WP3: Pre-analytische fase Dit WP is gefocust op de optimalisatie en standardisatie van extractieprotocols om het aantal geëxtraheerde matabolieten te maximaliseren op een reproduceerbare manier. Deze protocols zullen afhankelijk zijn van de te onderzoeken matrix (bvb. cellen, weefsels, serum,…), maar ze zullen elk een aantal kritische stappen moeten hebben zoals 'metabolism quenching' and 'metabolite extraction'.

Trefwoorden:METABOLOMICS

Disciplines:Analytische scheidings- en detectietechnieken, Analytische toxicologie, Medische biochemie en metabolisme niet elders geclassificeerd