Wie doet wat? De link tussen functionele genen en taxonomische merkers in microbiële ecosystemen van humane gastro-intestinale oorsprong

"Wie doet wat in ons maag-darmstelsel' is een uitdagende vraag. Hoewel 16S rDNA-sequencing gemeenschapsleden kan identificeren ('wie') en metagenomica de functionele diversiteit ('wat') kan oplossen, is het toewijzen van een afzonderlijke genfunctie of metabolische weg aan een individuele bacterie moeilijk.
Het huidige project is gericht op het identificeren en lokaliseren van taxonomische groepen die betrokken zijn bij (i) plasmide-gecodeerde antibioticumresistentiegenoverdracht en (ii) digestie van xylan-voedingsvezels in microbiële ecosystemen van humane gastro-intestinale oorsprong met de nieuwe epicPCR-benadering. De Emulsion, Paired Isolation en Concatenation PCR (epicPCR) methode zal worden aangepast om taxonomische markers (16S rRNA-gen) te verbinden met plasmide-gecodeerde lactamase-genen of chromosomaal gelokaliseerde endoxylanase-genen in de Mucosal Simulator van het Human Intestinal Microbial Ecosystem (M-SHIME ). Deze aanpak zal worden gecombineerd met verschillende experimentele opstellingen om de impact van antibiotica te testen,
plasmideconjugatieremmers en pre- / probiotica op de samenstelling en locatie van de gemeenschap.
Deze bevindingen zullen leiden tot een beter inzicht in het onderbenutte veld van de verspreiding van antibiotische resistentie en xylan-vertering van voedingsvezels in het maagdarmkanaal van de mens. In een laatste experiment zal de haalbaarheid van een geïntegreerde reverse transcriptase-stap in het epicPCR-protocol worden geëvalueerd. Dit zou het mogelijk maken om transcriptionele gegevens aan specifieke taxonomische groepen te koppelen, wat
zal waardevol zijn voor verder fundamenteel onderzoek.