Ontdekking en functionele analyse van kleine RNA's en RNA-bindende eiwitten afkomstig van faag

In de afgelopen jaren is het bewijs dat kleine RNA's (sRNA) een belangrijke regulerende rol spelen in zowel eukaryoten als  in bacteriën. In modelpathogenen zoals Escherichia coli en Salmonella kunnen deze regulerende moleculen elk stadium van transcriptie en translatie beïnvloeden door basenparing met hun doelwit. Bij de opportunistische pathogeen Pseudomonas aeruginosa is aangetoond dat kleine RNA's betrokken zijn bij ijzerverwerving, quorumwaarneming, koolstofkatabolisme en de regulatie van vele virulentiefactoren. Voor bacteriofagen is onze kennis over regulatie op het sRNA-niveau beperkt tot slechts enkele voorbeelden in (cryptische) professen, terwijl er niets bekend is over sRNA's in lytische virussen. Dit project beoogt de identificatie van kleine RNA's en RNA-bindende eiwitten afkomstig van 4 verschillende groepen van P. aeruginosa-infecterende bacteriofagen. Hiervoor zullen voorspelde sRNA's gevalideerd worden door Northern-blot-analyse en zal een globale interactome techniek, Gradient sequencing, worden uitgevoerd. Vervolgens zullen de voorspelde interactiepartners (afkomstig van faag of gastheer) worden bevestigd met behulp van RT-qPCR. Door de specifieke bindingsplaats en de interactie ervan met een RNA-bindend eiwit te bepalen, zullen deze sRNA's verder worden geanalyseerd. Ten slotte zal dit project de signaalroutes onderzoeken die worden beïnvloed door de faag-gecodeerde sRNA's. Dit biedt nieuwe inzichten vanuit een fundamenteel biologisch perspectief en zal hun mogelijke gebruik als biotechnologische hulpmiddelen inspireren.