Single cel RNA en kleine niet-coderende RNA sequencing om biomerkers te identificeren voor de pathogenese en behandelingsrespons van type 1 diabetes

Type 1 diabetes (T1D) is een auto-immuunziekte die het gevolg is van door T-cellen gemedieerde afbraak van de beta-cellen van de alvleesklier, waardoor de bloedglucose ontregeld wordt. We hebben een unieke methode bedacht voor het herstel van tolerantie bij auto-immune diabetische muizen met behulp van darmafgifte van bacteriën die genetisch zijn gewijzigd om proinsuline samen met de immuunregulerende cytokine IL10 af te scheiden. Om klinische translatie mogelijk te maken, zijn er diepgaande inzichten in de werkingswijze en de identificatie van robuuste (perifere) biomerkers die niet alleen de ziekteverschijnselen blootleggen, maar ook de respons op therapieën meten en de prognose van patiënten voorspellen. We stellen voor om perifeer bloed en van eilandjes afgeleide T-cellen te analyseren tijdens ziekteprogressie bij diabetes-gevoelige NOD muizen en van therapie-responder en niet-responder muizen. Transcriptomen van “single” cellen en T-celreceptorrepertoires van eilandjes afgeleide T-cellen kunnen inzicht verschaffen in de regulatie van T-celidentiteit en fenotypen, die zeer verschillend kunnen zijn van die in de bloedsomloop en die in verband kunnen worden gebracht met de progressie van T1D, de onderliggende heterogeniteit en therapieresponsiviteit. Bovendien zullen kleine niet-coderende RNA's (sncRNA's) aanwezig in de periferie en het doelorgaan worden gekarakteriseerd met behulp van een deep sequencing-benadering om het potentiële gebruik van circulerende sncRNA's als weefselspecifieke biomerkers van T1D ontwikkeling en therapierespons te evalueren. Tot slot zullen stalen van T1D patiënten die beschikbaar zijn via INNODIA en het EUnPOD platform worden gebruikt voor menselijke validatie.