< Terug naar vorige pagina

Project

Polygenische analyse van de unieke antimicrobiële werking van hoge azijnzuurproductie en evaluatie van andere probiotische kenmerken in Saccharomyces cerevisiae var. boulardii

Zowel de wereldgezondheidsorganisatie (WHO) als de Voedsel – en Landbouworganisatie (FAO) definiëren probiotica als levende micro-organismen die een gunstig gezondheidseffect uitoefenen op een gastheer bij toediening in voldoende hoeveelheden. De meeste probiotica behoren tot de bacteriële genera Lactobacilli and Bifidobacteria. Echter, één van de meest gebruikte probiotica is de gist Saccharomyces cerevisiae var. boulardii (S. boulardii).

Het doel van mijn PhD project is het bepalen van de polygene basis van de probiotische eigenschappen in S. boulardii. Om dit doel te bereiken, maken we gebruik van een genetisch platform: ‘pooled-segregant whole-genome sequence analysis’ (PSWGS analysis) zodat de polygene basis van verscheidene fenotypes, eerder beschreven als bijdragend tot de probiotische capaciteit van S. boulardii, kan worden achterhaald. 

Een zeer uitgebreid gedocumenteerde eigenschap van S. boulardii is het onvermogen te sporuleren. Echter, de mogelijkheid tot sporulatie van giststammen is essentieel voor de ‘pooled-segregant whole-genome sequence analysis’ methode. Bijgevolg zal het eerste deel van dit project verschillende strategieën onderzoeken met als doel het herstellen van de sporulatiecapaciteit van S. boulardii.

Hierna zullen verschillende wild-type S. boulardii en Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) stammen geëvalueerd worden ter bepaling van stammen die superieur zijn in het vertonen van de hierboven vermelde fenotypes. Een haploïde segregant van zulk een stam die ook het verlangde fenotype vertoont (superieure ouder) zal geselecteerd worden. Met als objectief het starten van de ‘pooled-segregant whole-genome sequence analysis’ zal deze stam gekruist worden met een haploïde S. cerevisiae stam (inferieure ouder) die dit verlangde fenotype niet vertoont. Hybrides, gevormd tijdens een dergelijke kruising, worden gesporuleerd om een groot aantal segreganten te bekomen. Hierna worden deze segreganten gefenotypeerd om een superieure pool (die de interessante eigenschap vertoont) en een controle pool (van willekeurig geselecteerde segreganten of van segreganten met hetzelfde fenotype als de inferieure ouder) te selecteren. Na isolatie van het volledige genomisch DNA van beide pools volgt Next Generation Sequencing (NGS). Alignering van de bekomen sequentie reads, verkregen uit iedere pool, tegenover de DNA-sequentie van de inferieure ouder geven weer welke genomische loci in de superieure pool hoofdzakelijk zijn aangerijkt met DNA dat overgeërfd werd van de superieure ouder (in dit geval S. boulardii). Deze regios, gekend als Quantitative Trait Loci (QTLs), zullen worden onderworpen aan ‘fine-mapping’ en zullen verder bestudeerd worden door gebruik te maken van functionele genetische assays om de onderliggende genetische regio’s gelinkt aan het probiotica fenotype te onderzoeken.

Datum:21 mrt 2011 →  2 mei 2018
Trefwoorden:Saccharomyces cerevisiae, Probiotics, Saccharomyces boulardii
Disciplines:Dierkundige biologie, Genetica
Project type:PhD project