FoldMod: De rol van lokale aminozuurinteracties in het vouwen van eiwitten, de stabiliteit van de vouwing en de locatie van post-translatie modificaties. (FWOAL796)

Eiwitten zijn moleculaire machines die essentieel zijn voor het functioneren van cellen in alle levende organismen. Elk eiwit is samengesteld uit een lange keten van aminozuren, met elkaar verbonden door een gedeelde chemische structuur (de eiwitruggengraat). Verschillende eiwitten hebben een verschillende aminozuursequentie en deze sequentie bepaalt hoe de eiwitruggengraat in de ruimte vouwt, hoe deze kan bewegen en hoe het eiwit functioneert. Bovendien kunnen in cellen sommige aminozuren in eiwitten chemisch worden gemodificeerd, waardoor de functie of organisatie van het eiwit wordt veranderd. Veel eiwitsequenties zijn bekend, maar alleen voor sommige experimentele gegevens op hun vouw zijn bewegingen en chemische modificaties beschikbaar. Er is daarom behoefte aan snelle computationele benaderingen die uit de sequentie kunnen voorspellen wat het eiwit kan doen. Dit project behandelt de volgende vragen vanuit een computationele invalshoek: 1) kunnen we uitvinden waar eiwitten beginnen te vouwen, 2) helpt dat ons te begrijpen hoe eiwitten hun vouw behouden en 3) kunnen we dan beter identificeren waar eiwitten gemodificeerd worden? We zullen ook nieuwe eiwitsequenties ontwerpen op basis van onze inzichten, die zullen worden getest door experimentele medewerkers.

Trefwoorden:Proteins

Disciplines:Biomedische modellering