Richting volledige dsDNA virus genomen: Derde-generatie sequencing en herpesvirussen diversiteit

Humaan cytomegalovirus (HCMV), het prototype van de herpesvirus-subfamilie Betaherpesvirinae is een alomtegenwoordig virus met seroprevalenties variërend van 45 tot 100% bij volwassenen [1]. Primaire infecties bij gezonde kinderen en volwassenen zijn meestal asymptomatisch, maar het virus veroorzaakt een levenslange persistentie en latente infectie, van waaruit het kan worden gereactiveerd en het nageslacht infecteren[2]. HCMV kan ernstige gevolgen hebben tijdens infectie van immuungecompromitteerde individuen [3]. Wereldwijd is HCMV de meest voorkomende congenitale infectie, met een algemene geboorteprevalentie van 0,64%, leidend tot perceptief gehoorverlies en neurologische ontwikkelingsvertragingen bij pasgeborenen [4,5]. HCMV codeert voor een dubbelstrengs DNA (dsDNA) genoom van 235 kbp, een van de grootste genomen van alle menselijke virussen. Sequentieanalyses van HCMV genen die coderen voor glycoproteïnen en immuunmodulerende factoren hebben het bestaan aangetoond van afzonderlijke genotype clusters. Deze genetische variabiliteit kan een mogelijke implicatie hebben op de virale (HCMV) pathogeniciteit [6]. Tot voor kort waren slechts honderd volledige genoomsequenties van klinische isolaten gekarakteriseerd, zowel vanwege de grootte van het genoom als de relatief lage virale concentratie in klinische isolaten [7-9]. Aanvullende sequenties van klinische isolaten, evenals de ontwikkeling van een “single read genome” (SRG) sequentiebepalingsmethode voor virale genomen, zijn noodzakelijk om zowel de genetische diversiteit tussen verschillende gastheren als de coderende capaciteit van wildtype HCMV-stammen beter te begrijpen. Bibliografie 1. Cannon MJ, Schmid DS, Hyde TB (2010) Review of cytomegalovirus seroprevalence and demographic characteristics associated with infection.Rev Med Virol 20: 202-213. 2. Reeves M, Sinclair J (2008) Aspects of human cytomegalovirus latency and reactivation. Curr Top Microbiol Immunol 325: 297-313. 3. Boeckh M, Geballe AP (2011) Cytomegalovirus: pathogen, paradigm, and puzzle. J Clin Invest 121: 1673-1680. 4. Kenneson A, Cannon MJ (2007) Review and meta-analysis of the epidemiology of congenital cytomegalovirus (CMV) infection. Rev Med Virol 17: 253-276. 5. Manicklal S, Emery VC, Lazzarotto T, Boppana SB, Gupta RK (2013) The 'silent' global burden of congenital cytomegalovirus. Clin Microbiol Rev 26: 86-102. 6. Puchhammer-Stockl E, Gorzer I (2011) Human cytomegalovirus: an enormous variety of strains and their possible clinical significance in the human host. Future Virol 6: 259-271. 7. Murphy E, Yu D, Grimwood J, Schmutz J, Dickson M, et al. (2003) Coding potential of laboratory and clinical strains of human cytomegalovirus. Proc Natl Acad Sci U S A 100: 14976-14981. 8. Dolan A, Cunningham C, Hector RD, Hassan-Walker AF, Lee L, et al. (2004) Genetic content of wild-type human cytomegalovirus. J Gen Virol 85: 1301-1312. 9. Cunningham C, Gatherer D, Hilfrich B, Baluchova K, Dargan DJ, et al. (2010) Sequences of complete human cytomegalovirus genomes from infected cell cultures and clinical specimens. J Gen Virol 91: 605-615. 10. Sijmons S, Van Ranst M, Maes P (2014) Genomic and functional characteristics of human cytomegalovirus revealed by next-generation sequencing. Viruses 6: 1049-1072. 11. Sijmons S, Thys K, Corthout M, Van Damme E, Van Loock M, et al. A method enabling high-throughput sequencing of human cytomegalovirus complete genomes from clinical isolates. PLoS One: Minor revisions pending. 12. Szpara M. (2014) Isolation of Herpes Simplex Virus Nucleocapsid DNA. In: Diefenbach R., Fraefel C. (eds) Herpes Simplex Virus. Methods in Molecular Biology (Methods and Protocols), vol 1144. Humana Press, New York, NY 13. Domingo E, Sheldon J, Perales C (2012) Viral quasispecies evolution. Microbiol Mol Biol Rev 76: 159-216. 14. Renzette N, Bhattacharjee B, Jensen JD, Gibson L, Kowalik TF (2011) Extensive genome-wide variability of human cytomegalovirus in congenitally infected infants. PLoS Pathog 7: e1001344. 15. Kim Yong-Hee (2015) Human Cytomegalovirus infection in solid-organ transplantation. Journal of Bacteriology and Virology. Vol. 45, No.1, p.11 - 18. 16. Ma Y, Wang N, Li M, Gao S, Wang L, et al. (2012) Human CMV transcripts: an overview. Future Microbiol 7: 577-593. 17. Gatherer D, Seirafian S, Cunningham C, Holton M, Dargan DJ, et al. (2011) High-resolution human cytomegalovirus transcriptome. Proc Natl Acad Sci U S A 108: 19755-19760.