Identificatie en karakterisatie van genfuncties betrokken bij de synergetische interacties in een polluent degraderend multi-species bacterieel consortium.

Dit project heeft als doel om op genetisch niveau "interspecies signaalgenfuncties" te identificeren die belangrijk zijn voor interacties tussen verschillende bacteriële leden van een multispecies bacteriëel consortium (MBC). Het MBC dat als modelsysteem zal gebruikt worden in deze studie, degradeert synergetisch het toxisch fenylureum-herbicide linuron enbestaat uit drie bacteriële stammen, die to drie verschillende species behoren. Zowel de synergetisch metabolische als fysische interacties vandit MBC zijn reeds dudielijk beschreven geweest. Concreet zullen eerst de genomen van de drie consortiumleden gesequeneerd en geannoteerd worden. De identificatie van "interspecies signaal genfuncties" zal worden bereikt via twee benaderingen waarvoor het consortium als een biofilm zal gegroeid worden in continue flow cellen. De eerste bandering omvat een differentiële transcriptieanalyse van de drie bacteriële consortiumleden wanneer ze zijn gegroeid als consortium vergeleken met individuele biofilmgroei, gebruikmakend van deep RNA sequencing. In een tweede benaderingzullen "interspecies signaal genfuncties" geïdentificeerd worden aan dehand van "in vivo expressie technologie" (IVAT). IVET is een techniek waarmee promotors kunnen geselecteerd worden die in vivo actief zijn in het drieledig consortium. De rol van de geïdentificeerde "interspecies signaal genfuncties" zal bevestigd worden door de analyse van het effect van gerichte knock-outs van deze genen op synergetische interacties in het MBC.

Trefwoorden:IVET, Biofilm, Consortium, Deep RNA sequencing, Interspecies signaling

Disciplines:Duurzaamheids- en milieutechniek, Engineering van biomaterialen, Biologische systeemtechnologie, Biomateriaal engineering, Biomechanische ingenieurswetenschappen, Andere (bio)medische ingenieurswetenschappen, Milieu ingenieurswetenschappen en biotechnologie, Industriële biotechnologie, Andere biotechnologie, bio-en biosysteem ingenieurswetenschappen

Project type:PhD project