Patronen van somatische veranderingen in tumoren deficiënt voor DNA-herstelmechanismen.

Defecten in DNA-herstelmechanimes dragen in belangrijke mate bij tot de tumor ontwikkeling in menselijke kankers. 20% van de colorectale en endometrium tumoren is gekaracteriseerd door een defect aan het mismatch DNA herstel (MMR) pathway (MLH1, MSH2 en MSH6), in borst- en baarmoeder kanker kan tot 15% van de tumoren verklaard woden door deficientie in dubble strengige breuk (DSB) DNA herstel (BRCA1, BRCA2 en CHEK2). Voor dit project zal ik het ganse genoom van sequencen van tumoren met een defecte in een DNA-herstelmechanisme en het overeenkomstig normaal DNA staal. Gebruik makende van deze data zal ik kijken of pattronen van somatische mutaties, meer specifiek base paar substitutie, inserties en deleties en structurele variaties, terug te vinden zijn. Daarenboven zal ik, aan de hand van bijkomstige exome-sequencing experimenten, ook kijken of er een deel groep aan genen herhaaldelijk aangetast is in de meerderheid van de DNA-herstel-deficienten tumoren. Voor het eerst, zal aan de hand van deze analyse een unbaised overzicht van all genetische fouten die optreden bij het ontbreken van een specifiek deel van het DNA herstel mechanisme kunnen worden opgesteld. Aan de hand van deze mutatie patronen hoop ik nieuwe en onverwachte werking mechanismen van individuele DNA herstel genen te vinden.

Trefwoorden:Targeted therapy, Cancer, Whole-genome sequencing, DNA repair deficiency

Disciplines:Laboratoriumgeneeskunde, Palliatieve zorg en zorg rond het levenseinde, Regeneratieve geneeskunde, Andere basiswetenschappen, Andere gezondheidswetenschappen, Verpleegkunde, Andere paramedische wetenschappen, Andere translationele wetenschappen, Andere medische en gezondheidswetenschappen