Ontrafeling en functionele karakterisatie van verschillende componenten die deel uitmaken van het immuunsysteem van Caenorhabditis elegans.

Een studie van het proteïne profiel van de C. elegans na infectie met gram positieve of gram negatieve bacteriën heeft geresulteerd in de identificatie van 150 significant op- of neergereguleerde proteïnen. Dit project beoogt een verdere analyse van hun specifieke betrokkenheid in immuniteit. Eerst zullen we bepalen welke proteïnen aanwezig zijn in immuunweefsels waarna we een verdere focus zullen richten op deze selectie. We zullen mutanten bestellen en deze testen in verschillende fysiologische experimenten. Ten tweede zullen we het peptidoom van de worm meten na infectie met verschillende pathogenen. Een dergelijke differentiële peptidomics studie is tot op heden nog niet verricht en zal wellicht nieuwe reporter genen aan het licht brengen. Ten derde willen we nagaan of de geïdentificeerde hypothetische transcriptiefactoren ook een specifieke functie vervullen in één van de immuun signaalwegen. Hiervoor zullen we een stabiele lijn aanmaken van wormen die een groen proteïne produceren wanneer een specifiek gen (reporter) tot expressie gebracht wordt. Wanneer we een antimicrobieel peptide kiezen dat enkel tot expressie gebracht wordt na infectie met bv een gram negatieve bacterie, zullen deze wormen enkel groen oplichten wanneer ze blootgesteld worden aan gram negatieve bacteriën. Via RNAi kunnen we het gen van het hypothetische transcriptiefactor onderdrukken. Het verdwijnen van fluorescentie na RNAi suggereert dan een belangrijke functie voor deze transcriptiefactor in de immuun signaalweg.

Trefwoorden:Differential peptidomics, Antimicrobial proteins, Antimicrobial peptides, Innate immunity, C. elegans

Disciplines:Dierkundige biologie, Algemene biologie