Onderzoeker
Jan Fostier
- Disciplines:Bioinformatica, Parallel programmeren, High performance computing, Parallel computing
Affiliaties
- Directie Informatie- en Communicatietechnologie (Administratieve eenheid)
Lid
Vanaf1 jan 2010 → 31 dec 2010 - Vakgroep Informatietechnologie (Departement)
Lid
Vanaf1 sep 2005 → Heden
Projecten
1 - 7 of 7
- Zoekschema's voor sequentiealigneringVanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Zoekschema's voor sequentiealignering op pan-genoomgrafen.Vanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO mandaten
- Zoekschema's voor sequentiealignering op pan-genoomgrafenVanaf1 okt 2021 → 31 okt 2021Financiering: BOF - doctorale mandaten
- Probabilistisch grafische modellen voor een accurate identificatie van sequentiëringfoutenVanaf1 okt 2018 → 30 sep 2022Financiering: FWO mandaten
- De novo genoomreconstructie met behulp van zowel tweede als derde generatie sequentiedataVanaf1 jan 2014 → 31 dec 2019Financiering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Netwerk-gebaseerde identificatie van het moleculaire werkingsmechanisme van anti-bacterial agentiaVanaf1 jan 2013 → 31 dec 2016Financiering: SBO (Strategisch Basisonderzoek)
- Bioinformatica : van nucleotiden tot netwerken ( N2N )Vanaf1 mei 2010 → 30 apr 2017Financiering: BOF - Andere acties
Publicaties
1 - 10 van 102
- Improved node and arc multiplicity estimation in de Bruijn graphs using approximate inference in conditional random fields(2023)
Auteurs: Pieter Audenaert, Jan Fostier
Pagina's: 1995 - 2006 - Detecting translocation of DNA nanostructures through nanopores : first steps towards structural barcode readout(2023)
Auteurs: Pratima Upretee, S Santermans, K Martens, J Gevers, S Marion, W Van Den Bosch, Jan Fostier, Nilesh Madhu
Pagina's: 1205 - 1209 - Pan-genome de Bruijn graph using the bidirectional FM-index(2023)
Auteurs: Lore Depuydt, Luca Renders, Thomas Abeel, Jan Fostier
- Halvade somatic : somatic variant calling with Apache Spark(2022)
Auteurs: Dries Decap, Louise de Schaetzen van Brienen, Pascal Costanza, Charlotte Herzeel, Roel Wuyts, Kathleen Marchal, Jan Fostier
- Adaptive scoping : balancing short- and long-term genetic gain in plant breeding(2022)
Auteurs: David Vanavermaete, Jan Fostier, Steven Maenhout, Bernard De Baets
- BLSSpeller to discover novel regulatory motifs in maize(2022)
Auteurs: Razgar Seyed Rahmani, Dries Decap, Jan Fostier, Kathleen Marchal
- Approximate pattern matching using search schemes and in-text verification(2022)Volume: 13347
Auteurs: Luca Renders, Lore Depuydt, Jan Fostier, Ignacio Rojas, Olga Valenzuela, Fernando Rojas, Luis Javier Herrera, Francisco Ortuño
Pagina's: 419 - 435 - Multithreaded variant calling in elPrep 5(2021)
Auteurs: Charlotte Herzeel, Pascal Costanza, Dries Decap, Jan Fostier, Roel Wuyts, Wilfried Verachtert
- Dynamic partitioning of search patterns for approximate pattern matching using search schemes(2021)
Auteurs: Luca Renders, Kathleen Marchal, Jan Fostier
- Comparative analysis of somatic variant calling on matched FF and FFPE WGS samples(2020)
Auteurs: Louise de Schaetzen van Brienen, FREDERIC DE RYCK, Pauline Robbe Vandewalle, Anna Schuh, Jan Fostier, Piet Ost, Kathleen Marchal
Patenten
1 - 1 van 1
- PROCESSING READS OF SEQUENCED NUCLEIC ACID (Inventor)